存储结构
MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为 .MYD (MYData)。索引文件的扩展名是 .MYI (MYIndex)；
InnoDB：所有的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。
存储空间
MyISAM：可被压缩，存储空间较小。支持三种不同的存储格式：静态表(默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉)、动态表、压缩表；
InnoDB：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
事务支持
MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性，其执行数度比 InnoDB 类型更快，但是不提供事务支持；
InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。 具有事务、回滚和崩溃修复能力的事务安全型表。
CURD操作
MyISAM：如果执行大量的 SELECT，MyISAM 是更好的选择。(因为没有支持行级锁)，在增删的时候需要锁定整个表格，效率会低一些。相关的是 InnoDB 支持行级锁，删除插入的时候只需要锁定该行就行，效率较高；
InnoDB：如果你的数据执行大量的 INSERT 或 UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用 InnoDB 表。DELETE 从性能上InnoDB 更优，但 DELETE FROM table 时，InnoDB 不会重新建立表，而是一行一行的删除，在 InnoDB 上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table 这个命令。
外键
MyISAM：不支持；InnoDB：支持。
锁机制
InnoDB 支持数据行锁定，MyISAM 不支持行锁定，只支持锁定整个表。即 MyISAM 同一个表上的读锁和写锁是互斥的，
MyISAM 并发读写时如果等待队列中既有读请求又有写请求，默认写请求的优先级高，即使读请求先到，所以 MyISAM 不适合于有大量查询和修改并存的情况，那样查询进程会长时间阻塞。因为 MyISAM 是锁表，所以某项读操作比较耗时会使其他写进程饿死。
索引
InnoDB 从5.6.4才开始支持全文索引，而 MyISAM 一直支持。全文索引是指对 char、varchar 和 text 中的每个词（停用词除外）建立倒排序索引。MyISAM的全文索引其实很简单，因为它不支持中文分词，必须由使用者分词后加入空格再写到数据表里，而且少于4个汉字的词会和停用词一样被忽略掉。
其他
MyISAM 支持 GIS 数据，InnoDB 不支持。即 MyISAM 支持以下空间数据对象：Point，Line，Polygon，Surface等。
对于AUTO_INCREMENT 类型的字段，InnoDB 中必须包含只有该字段的索引，但是在 MyISAM 表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行 select count(*) from table 时，InnoDB 要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是 MyISAM 只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当 count(*) 语句包含 where 条件时，两种表的操作是一样的。
InnoDB 表的行锁也不是绝对的，假如在执行一个 SQL 语句时 MySQL 不能确定要扫描的范围，InnoDB 表同样会锁全表，例如 update table set num=1 where name like '%aaa%'